上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女医院前面的停车场上，清秀女子带着苏云上了一辆装货的飞车后面货箱，苏云见里面果然有一个一人多高的纸箱，脸上的喜色就更浓了几分，已经在猜想陈源给她送的是什么东西这么大。友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脫离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
